Según el artículo 4.1. del Real Decreto 1164/2002, de 8 de noviembre, la iniciativa del procedimiento de valoración corresponde a las Comisiones Calificadoras de Documentos de cada Departamento ministerial o a sus respectivos Grupos de Trabajo de Coordinación Archivística.
Tras la publicación del Real Decreto 776/2011, de 3 de junio, por el que se suprimen determinados órganos colegiados, algunas Comisiones Calificadoras ministeriales han sido suprimidas, mientras que otras mantienen su funcionamiento. En virtud de la potestad de autoorganización de los Departamentos ministeriales se podrán crear Grupos de Trabajo de coordinación de archivos, con competencia para la presentación de peticiones de dictamen a la CSCDA, según lo previsto en el art. 13 del Real Decreto 1708/2011, de 18 de noviembre.
Actualmente, en la Administración General del Estado están vigentes las siguientes Comisiones Calificadoras:
A la vez, siguiendo lo establecido en el Real Decreto 1708/2011, de 18 de noviembre, se han creado Grupos de Trabajo de Coordinación de Archivos en los siguientes departamentos ministeriales: