La actitud de Carlos V ante las disensiones religiosas del Imperio evolucionó de la tolerancia y el diálogo a la intolerancia y la guerra. Los intentos iniciales de conciliación, inspirados por el humanismo erasmista y materializados en la celebración de diferentes dietas y en la tentativa de convocar un concilio unviersal en Trento, dieron paso al enfrentamiento abierto contra los príncipes luteranos coaligados en la liga de Smalkalda.
Pero la apariencia religiosa del conflicto escondía un transfondo político: la pugna entre el absolutismo del Emperador en el Imperio y el absolutismo de los príncipes alemanes dentro de sus estados, así como los recelos de éstos ante el creciente poder de la casa de Austria.
Ello explica que tras la victoria de Mühlberg, en la rebelión de 1548 a 1552, los bloques dejen de ser meramente religiosos, y que muchos católicos se pasen al bando de los protestantes en su enfrentamiento con el Emperador.