Los documentos que hoy conserva el Archivo proceden fundamentalmente de los siguientes organismos metropolitanos:
Otros documentos proceden directamente de organismos coloniales (Capitanía General de Cuba, siglos XVIII-XIX) o de archivos pertenecientes a personas particulares relacionadas con la administración colonial (Duque de Veragua, siglos XV-XVIII; General Polavieja, 1876-1898, y el Virrey Abascal, 1804-1859).
Los fondos documentales del Archivo de Indias tienen, por lo tanto, un interés excepcional para el estudio histórico de la obra de España en Indias, afectando a una extensión enorme, América (desde el sur de Estados Unidos hasta Tierra de Fuego) y Filipinas durante los siglos XV al XIX.
Se agrupan en 16 secciones: