La invasión napoleónica de la Península también provocará profundos cambios en los territorios ultramarinos. Se produce la misma reacción contra el invasor en las dos orillas del Atlántico.
Los sucesos peninsulares son conocidos en América entre mayo y agosto de 1808 a través de los puertos de Veracruz, Buenos Aires, Caracas y La Habana. A estas alturas, España se ha levantado en armas contra los franceses, que son derrotados en la Batalla de Bailén (19 de julio de 1808) obligando al rey José I , hermano de Napoleón, a abandonar la capital madrileña.
La noticia del acceso del rey Fernando VII a la Corona en 1808 llena de alegría a América, pero pronto se ve empañada por la noticia de su abdicación en Bayona. No obstante, se procede a la jura de fidelidad al nuevo monarca en las capitales y ciudades más importantes de los virreinatos, desligándose de esta manera de la obediencia debida a los franceses.
Pese a las últimas noticias, se crea un estado de confusión que afectará de manera dispar a los territorios americanos en función de las afinidades monárquicas, pero con los mismos planteamientos: alegría por la caída del valido Manuel Godoy y el ascenso de Fernando VII, y oposición al cambio dinástico encarnado en la familia Bonaparte.
Ante la falta de confirmación de los acontecimientos acaecidos, los responsables de la Administración, de la Iglesia, de las Audiencias y de los Cabildos se reúnen en juntas para analizar y compartir la responsabilidad del gobierno. En el verano de 1808 nacían las Juntas Supremas Provinciales, que se extendieron por todos los territorios de la Monarquía española en América. Estas juntas surgieron como rechazo al colaboracionismo que las instituciones tradicionales mantenían con los invasores franceses.
En España, la Junta Suprema de Sevilla decide enviar emisarios a América para fidelizar los territorios destacando las figuras de Juan Jabat o José Manuel de Goyeneche , futuro I conde de Guaqui. Napoleón hará lo mismo.
En La Habana triunfa la posición realista por miedo a convertirse en un nuevo Haití. Caracas reconoce a la Junta Suprema de Sevilla y se niega a formar una junta de gobierno en la capital.
En México, el virrey José de Iturrigaray despertará todos los recelos antifranceses de sus gobernados lo que provocó su sustitución por Pedro de Garibay .
Con el nombre de "proceso revolucionario de Quito" o "revolución quiteña de 1809" se conoce a una serie de acontecimientos ocurridos entre 1809 y 1812 en los territorios que abarcaban la presidencia de Quito. Se dividen en sucesivas fases: Primer grito de independencia, la masacre del 2 de agosto de 1810 y la Junta Suprema de Quito. Éste sería el germen de los movimientos independentistas que darían lugar a la actual República de Ecuador. Uno de los próceres de la patria fue el quiteño Antonio de Villavicencio
En la Audiencia de Charcas, la revolución de Chuquisaca, en mayo de 1809, supuso la destitución del gobernador acusado de actuar a favor de la reina de Portugal, la infanta Carlota Joaquina de Borbón , hermana del rey Fernando VII, que pretendía convertirse en regente mientras durara la prisión de éste.
El Río de la Plata vivió el enfrentamiento entre Javier Elío, gobernador de Montevideo, y el virrey Santiago de Liniers por el ambiguo apoyo de este último al rey Fernando VII. Esto provoca la constitución de una Junta gubernativa en nombre del monarca en Montevideo al mando de Elío.
Y en Lima, se procede a la proclamación y jura del rey Fernando VII con el virrey José de Abascal a la cabeza.