Em 1462, o conflito entre o rei João II de Aragão (1458-1479) e as instituições da Catalunha, que começou a formar-se desde o início do seu reinado, irrompeu numa guerra civil que se prolongou por um espaço de dez anos e alcançou uma dimensão internacional. A Deputação do Geral da Catalunha, que controlava Barcelona e grande parte do principado, concedeu a coroa sucessivamente ao rei Enrique IV de Castela (1462-1463), ao Condestável Pedro de Portugal (1464-1466), filho do infante Pedro, duque de Coimbra, e a Renato de Anjou, conde de Provença (1466-1472).
Dos três, apenas Pedro de Portugal dirigiu pessoalmente o governo, enquanto que Enrique IV e Renato de Anjou delegaram lugar-tenentes. Todos eles, no entanto, mantiveram o sistema administrativo habitual até então na coroa de Aragão, organizado em torno de uma Chancelaria que continuou a emitir a documentação do rei ou dos seus lugar-tenentes, copiada nos volumes das diferentes séries de registos já estabelecidas nos reinados anteriores.
A 13 de novembro de 1472, apenas um mês após a capitulação de Pedralbes, que pôs fim à guerra civil com a vitória do rei João II de Aragão, este promulgou uma pragmática relativa aos livros que continham os processos, doações, deliberações, editais e decretos, isto é, os registos de chancelaria dos inimigos que tinham disputado a coroa durante os dez anos anteriores. Em consonância com o espírito pragmático e conciliador da capitulação, mandava conservá-los, alegando que serviriam de exemplo do injusto domínio dos tiranos contra o governo dos príncipes legítimos e, além disso, no futuro poder-se-ia encontrar neles algo proveitoso, uma vez que não há nenhum livro, por mais mau que seja, que por vezes não possa ter alguma utilidade. O castigo da memória dos seus inimigos limitou-se a manter estes registos no seu Arquivo, separados do resto, e a cobri-los de preto e marcá-los com a theta (θ), funesta letra grega, símbolo da morte com que se marcava os condenados.
Graças a esta pragmática e ao seu cumprimento, atualmente podemos estudar os documentos e registos dos pretendentes ao trono derrotados, por último, por João II. Seguindo este precedente, nos séculos XVII e XVIII também se conservaram os registos de Luís XIII e Luís XIV de França e os registos do arquiduque Carlos da Áustria, pretendentes à coroa no período da Guerra dos Segadores (1642-1652) e da Guerra de Sucessão (1705-1713), respetivamente. Todos eles foram conservados com a denominação de “Registos de reis intrusos” e podem ser consultados na Sala de Leitura do arquivo.
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