En 1462, el enfrentamiento entre el rey Juan II de Aragón (1458-1479) y las instituciones de Cataluña, que venía gestándose desde el inicio de su reinado, estalló en una guerra civil que se alargó por espacio de diez años y que alcanzó una dimensión internacional. La Diputación del General de Cataluña, que controlaba Barcelona y gran parte del principado, otorgó la corona sucesivamente al rey Enrique IV de Castilla (1462-1463), al condestable Pedro de Portugal (1464-1466), hijo del infante Pedro, duque de Coimbra, y a Renato de Anjou, conde de Provenza (1466-1472).
De los tres, sólo Pedro de Portugal dirigió personalmente el gobierno, mientras que Enrique IV y Renato de Anjou delegaron en lugartenientes. Todos ellos, sin embargo, mantuvieron el sistema administrativo usual hasta entonces en la corona de Aragón, organizado alrededor de una Cancillería que continuó expidiendo la documentación del rey o sus lugartenientes, copiada en los volúmenes de las diferentes series de registros ya establecidas en los reinados anteriores.
El 13 de noviembre de 1472, apenas un mes después de la capitulación de Pedralbes que puso fin a la guerra civil con la victoria del rey Juan II de Aragón, este promulgó una pragmática relativa a los libros que contenían los juicios, donaciones, deliberaciones, edictos y decretos, es decir, los registros de cancillería, de los enemigos que le habían disputado la corona durante los diez años anteriores. En consonancia con el espíritu pragmático y conciliador de la capitulación, mandaba conservarlos, alegando que servirían de ejemplo del injusto dominio de los tiranos frente al gobierno de los príncipes legítimos, y además en el futuro se podría encontrar en ellos algo de provecho, pues no hay libro por malo que sea que en ocasiones no pueda ser de alguna utilidad. El castigo a la memoria de sus enemigos se limitó a mantener estos registros en su Archivo separados del resto y a cubrirlos de negro y marcarlos con la theta (θ), funesta letra griega, símbolo de la muerte con que se señalaba a los condenados.
Gracias a esta pragmática y a su cumplimiento podemos estudiar hoy los documentos y registros de los pretendientes al trono derrotados finalmente por Juan II. Siguiendo este precedente, también se conservaron en los siglos XVII y XVIII los registros de Luis XIII y Luis XIV de Francia y los del archiduque Carlos de Austria, pretendientes a la corona en el período de la guerra de los segadores (1642-1652) y de la guerra de sucesión (1705-1713), respectivamente. Todos ellos se conservan con la denominación de “Registros de reyes intrusos” y pueden consultarse en la Sala de lectura del archivo.